Quanto à estrutura física da Creche São Francisco de Assis, os espaços são amplos, arejados, iluminados e a organização favorece o convívio das crianças. Na área externa há um parque e uma área coberta, com brinquedos ao alcance de todos, fazendo a alegria das crianças que trocam experiências e vivências. A cozinha é organizada e higienizada diariamente, o refeitório das professoras e funcionários é amplo e arejado, para que todos se acomodem bem, com lugar adequado para colocar os alimentos. A biblioteca tem um bom acervo de livros infantis, e a brinquedoteca foi equipada graças ao Projeto Brinquedo Ação, uma parceria junto ao curso de Psicologia da Universidade Federal de Santa Catarina.

A creche dispõe de um ambiente seguro, higiênico, confortável e rico em estímulos. Adotam medidas de cuidados ambientais em relação à reutilização de materiais recicláveis, areia, lixo, aos brinquedos, chão, água, energia...; também investe na boa relação com as famílias não deixando de estabelecer parceria com o Posto de Saúde do bairro, fazendo encaminhamentos, colaborando para campanhas de vacinação, recebendo visitas dos agentes de saúde e dentista com o serviço de prevenção junto às crianças.

A estrutura física conta com um prédio cedido pela Ação Social da Paróquia Santíssima Trindade. As áreas são divididas da seguinte forma:

• 06 sala Referências para as crianças sendo divididas da seguinte forma:
• 01 sala Grupo 1 com fraldário
• 01 sala Grupo 2 com fraldário e banheiro
• 01 sala Grupo 3 com fraldário e banheiro
• 01 sala Grupo 4 com banheiro
• 01 sala Grupo 5 com banheiro
• 01 sala Grupo 6 com banheiro
• 04 banheiros para adultos
• 01 banheiro infantil no parque
• 01 secretaria
• 01 sala de administração
• 01 sala de Coordenação Pedagógica
• 01 Brinquedoteca com sala de vídeo no piso inferior
• 01 Brinquedoteca com sala de vídeo no piso superior
• 01 Sala de Leitura com sala de vídeo
• 01 refeitório infantil
• 01 refeitório para os professores
• 01 parque ao ar livre
• 01 pátio coberto
• 01 solário
• 01 lavanderia
• 01 cozinha
• 01 deposito pedagógico
• 01 depósito de limpeza
• 01 sala Brechó